Në nëntor të vitit 2002 u përurua Pavioni i Arkeologjisë në Muzeun Historik të Shkodrës, fryt i bashkëpunimit me Universitetin e Firences (Itali). Sipas një projekti të përbashkët, duke shfrytëzuar hapësirat e katit përdhes të ndërtesës, të përbërë prej dy sallash, me elementë arkitekturorë tradicionalë e me vlera origjinale të punimit të gurit e drurit, gërshetuar me panelat metalike ekspozuese, realizohet kombinimi i konstruksioneve të traditës me ato moderne. Ndriçimi individual i objekteve të vendosur brenda kubeve prej qelqi, i vë në pah ato dhe krijon një mjedis të vërtetë lashtësie.

Fondi arkeologjik përmban rreth 500 objekte, vetëm 200 prej tyre janë të ekspozuar, ndërsa pjesa tjetër ruhet në fond. Objektet arkeologjike muzeale të këtij sektori përfaqësojnë të gjitha periudhat historike, nga Neoliti, 6000 vjet P.K. deri në Mesjetën e vonë shek.XVI. Ato kanë një shtrirje gjeografike që përfshin krejt pellgun e Shkodrës. Një pjesë e mirë e tyre vjen nga gjetje të rastit, por ka edhe objekte që vijnë nga gërmimet arkeologjike të ekspeditave të kryera në këtë territor.

Në aspektin funksional objektet mund të klasifikohen si: vegla pune, enë të përdorimit shtëpiak e të transportit, objekte kulti, armë luftarake, stoli, objekte varrezash, objekte arkitekturore, monedha e medalje. Një pjesë e tyre janë me vlera të spikatura artistike, ndërsa përsa i përket materialit të përdorur, ato janë të punuara në strall, gurë, mermer, kockë, qeramikë, metale, qelq etj.

Ndër to ka objekte të prodhimit lokal, por edhe të ardhura përmes shkëmbimeve tregtare me vende të ndryshme të botës.